Salah satu Visi SMP Negeri 6 Palembang adalah Berakhlak Mulia . Untuk melaksanakan visi tersebut diperlukan tempat/wadah bagi para guru dan siswa yang muslim dalam melaksanakan aktivitas peribadatan. Tempat atau wadah tersebut adalah Musholla Al-Kautsar.
Sebelum negeri ini dilanda pandemi covid-19, aktivitas guru mata pelajaran agama Islam dalam melaksanakan pembinaan keagamaan kepada para siswa di Musholla berjalan dengan baik dan lancar. Aktivitas di Musholla yang berlangsung sebelum masa pandemi sebagai berikut :
- Sholat Dukha ( guru dan siswa)
- Tadarus Qur’an, 4 kali per Minggu dipandu oleh siswa secara bergilir.
- Membaca Asmaul husnah, 4 kali per-Minggu dipandu oleh siswa secara bergilir.
- Sholat Dzuhur berjamaah, diimami oleh Guru Mengaji.
- Membaca surah Yassin setiap hari Jum’at.
- Pendidikan Al-Qur’an bagi siswa (belajar Iqro dan Tartil Qur’an)